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/ Software Vault: The Diamond Collection / The Diamond Collection (Software Vault)(Digital Impact).ISO / cdr16 / med9505a.zip / M9550094.TXT < prev    next >
Text File  |  1995-03-04  |  2KB  |  38 lines
  1.        Document 0094
  2.  DOCN  M9550094
  3.  TI    Relative binding free energies of peptide inhibitors of HIV-1 protease:
  4.        the influence of the active site protonation state.
  5.  DT    9505
  6.  AU    Chen X; Tropsha A; Laboratory for Molecular Modeling, School of
  7.        Pharmacy, University; of North Carolina, Chapel Hill 27599.
  8.  SO    J Med Chem. 1995 Jan 6;38(1):42-8. Unique Identifier : AIDSLINE
  9.        MED/95139034
  10.  AB    Hydrogen bonding plays an important role in the stabilization of
  11.        complexes between HIV-1 protease (HIV-1 PR) and its inhibitors. The
  12.        adequate treatment of the protease active site protonation state is
  13.        important for accurate molecular simulations of the protonation state is
  14.        important for accurate molecular simulations of the protease-inhibitor
  15.        complexes. We have applied the free energy simulation/thermodynamic
  16.        cycle approach to evaluate the relative binding affinities of the S vs R
  17.        isomers of the U85548E inhibitor of the protease. Several mono- and
  18.        diprotonation states of the catalytic aspartic acid residues of the
  19.        protease active site were considered in the course of molecular
  20.        simulations. The calculated difference in binding free energy of the S
  21.        vs R isomers strongly depended on the location of proton(s), but in all
  22.        cases the binding free energy of the S inhibitor was higher. On the
  23.        basis of our calculations, we propose that in the HIV-1 PR-inhibitor
  24.        complex only one catalytic aspartic acid residue is protonated and that
  25.        the binding free energy of the S isomer is ca. 2.8 kcal/mol higher than
  26.        that of the R isomer. The accuracy of these predictions shall be
  27.        evaluated when binding affinities of both isomers become available.
  28.  DE    Amino Acid Sequence  Aspartic Acid/METABOLISM  Binding Sites
  29.        Comparative Study  Energy Transfer  HIV Protease/*CHEMISTRY/*METABOLISM
  30.        HIV Protease Inhibitors/*CHEMISTRY  Models, Chemical  Molecular Sequence
  31.        Data  Oligopeptides/CHEMISTRY/METABOLISM
  32.        Peptides/*CHEMISTRY/*METABOLISM  Protein Binding  Protons  Solutions
  33.        Stereoisomers  Support, Non-U.S. Gov't  Thermodynamics  JOURNAL ARTICLE
  34.  
  35.        SOURCE: National Library of Medicine.  NOTICE: This material may be
  36.        protected by Copyright Law (Title 17, U.S.Code).
  37.  
  38.